Il était une fois le Covid-19

Depuis plus d’une année, il est plus célèbre qu’une rock-star, la planète entière ne parle que de lui, le Covid-19. Tout est entendu sur ce virus, mais qu’est-ce que c’est ? C’est un virus, me répond l’écho ! Un peu court comme réponse…

Mardi 9 février 2021, la mission scientifique internationale diligentée par l’OMS a livré ses premières conclusions. La conférence de presse se tenait depuis Wuhan, en République populaire de Chine (RPC). Après un séjour de quatre semaines, dont deux passées en isolement, l’équipe a annoncé n’avoir pu définir les origines de la pandémie. « Le SARS-CoV-2 peut avoir pour origine une transmission zoonotique mes les réservoirs hôtes restent à identifier », expliquait le professeur Liang Wannian, chef de la délégation chinoise. Du côté de Peter Ben Embarek, chef de la délégation de l’OMS, ce n’est pas plus probant. « La conclusion est que nous n’avons pas trouvé de preuve d’une grande épidémie qui pourrait être reliée à des cas de Covid-19 avant décembre 2019, à Wuhan ou ailleurs. »

Seule paraît, selon les experts, hautement improbable l’hypothèse d’un incident de laboratoire. « La théorie la plus probable est la contamination de l’être humain par un animal intermédiaire », ajoute Peter Ben Embarek. La transparence de l’empire du Milieu n’est plus à démontrer. Thea Fischer a déclaré à la presse qu’elle n’avait pas pu obtenir de la Chine les données brutes qu’elle souhaitait. « Je dois me fier à l’énorme quantité de données qui ont été analysées et qui m’ont été présentées », a-t-elle déploré.

La structure générale des virus

Son étymologie vient du latin, qui signifie poison. L’Académie de Médecine le définit comme ce qui suit. « Virus : se reproduisant à partir de son matériel génétique et utilisant les matériaux de la cellule qu’il infecte pour la biosynthèse de ses propres constituants. Il est constitué d’un acide nucléique (ADN ou ARN), d’une capside protéique, faite d’un assemblage de capsomères (protéines), destinée à protéger l’acide nucléique viral, responsable de l’antigénicité du virus, et parfois d’une enveloppe dérivée des membranes cellulaires, porteuses des récepteurs se fixant sur la cellule à infecter. »

Oui, beaucoup de termes du lexique médical qui ne sont pas forcément accessibles à tous. Simplement, c’est une cellule dotée d’une intelligence lui permettant de se multiplier, de muter (pour devenir le plus contagieux possible) le tout en très grande quantité pour contaminer un être vivant, puis un autre, etc. Ce qui à terme peut provoquer une pandémie (comme en 1918, 1957 et 1968), qu’explique Jamy Gourmaud dans un épisode de l’émission « C’est pas Sorcier ».

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C’est un organisme vivant. Il utilise une cellule pour se répandre dans l’organisme provoquant une inflammation. En réaction, des anticorps sont créés. Il existe des virus qui infectent des animaux (l’être humain est un animal, classé comme mammifère, doté d’une certaine intelligence), les végétaux et également les bactéries (bactériophages). S’ils provoquent des maladies, les virus peuvent être considérés comme des germes pathogènes. Ils sont environ deux cents dans ce cas. Si la majorité des maladies virales sont bénignes, d’autres présentent une gravité certaine (SIDA, fièvres hémorragiques, encéphalites, hépatites…), puis certains virus jouent un rôle dans le développement de tumeurs malignes et de cancers.

La découverte des virus trouve son origine au XIXe siècle, avec les travaux d’Adolf Mayer sur la mosaïque du tabac. Plus tard, le microbiologiste Martinus Beijerinck comprit que la particule infectieuse devait être bien plus petite qu’une bactérie. Le virus de la mosaïque du tabac (VMT) n’a été identifié qu’en 1935 par Wendell Stanley. C’est en 1953 qu’André Lwoff énonçait les trois caractères fondamentaux. Les virus ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral, ils se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication, enfin ils sont doués de parasitisme intracellulaire absolu.

D’où vient le Covid-19 ?

Tout semblait commencer dans la province d’Hubei, en Chine, au sein de la ville, désormais célèbre, Wuhan. Une épidémie de pneumonies, qui fut décrite comme d’allure virale de cause inconnue a émergé en décembre 2019. Les enquêteurs n’ont découvert aucune indication clinique de la circulation dudit virus à Wuhan et ses environs, stipulait Lian Wannian, professeur et chef de la délégation chinoise lors de la conférence.

Dès le 9 janvier 2020, les autorités sanitaires chinoises et l’OMS officialisaient la découverte d’un nouveau coronavirus. D’abord appelé 2019-nCoV puis SARS-CoV-2, car différent du virus SARS-CoV responsable de l’épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) en 2003. Il l’est également du virus MERS-CoV responsable d’une épidémie évoluant depuis 2012 au Moyen-Orient. Ce nouveau virus est responsable de cette maladie infectieuse respiratoire appelée Covid-19 (pour CoronaVIrus Disease 2019).

Une délégation de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) est arrivée jeudi 14 janvier 2021 en Chine (RPC) avec une équipe pour enquêter. Après une période dite de quarantaine, ils œuvrent (enfin) sur le terrain, et toutes les hypothèses sont sur la table, comme titre et explique Sud-Ouest : « Covid-19 : d’où vient le virus ? À Wuhan, les experts de l’OMS commencent leur enquête ». À suivre…

Comment reconnaître une possible contamination ?

Plutôt que devenir tous des « Iznogoud », obsédé par l’idée de devenir « calife à la place du calife », le plus simple, et plus sage, est de demander conseil auprès de son médecin traitant.

Car, selon l’OMS, il existe différents symptômes :

• Les classiques : fièvre, toux sèche et fatigue.
• Les moins courants sont la perte du goût et de l’odorat, congestion nasale, conjonctivite (yeux rouges), mal de gorge, maux de tête, douleurs musculaires ou articulaires, différents types d’éruption cutanée, nausées ou vomissements, diarrhée, frissons ou vertiges.

La grippe saisonnière admet des symptômes sensiblement identiques : apparition brutale d’une forte fièvre, de toux (généralement sèche), de céphalées, de douleurs musculaires et articulaires, de malaise général, de maux de gorge et d’écoulement nasal.

En vulgarisant, on pourrait admettre que la grippe saisonnière et le Covid-19 sont de la même famille, voire très proche parent. En effet, la transmission des deux virus est semblable. Il se transmet facilement d’une personne à l’autre par l’intermédiaire des microgoutelettes et des particules excrétées par les sujets infectés lorsqu’ils toussent ou éternuent. C’est ainsi que l’on comprend mieux l’intérêt, comme disaient-ils jadis : « Mets ta main devant ta bouche quand tu éternues ! »

Dorénavant, le gouvernement français oblige le port du masque… afin d’éviter d’arroser nos concitoyens de nos postillons (même sans pandémie, cela reste peu agréable) et d’autres gestes, comme de se laver les mains.

Si la plupart des sujets atteints, par la grippe comme la Covid-19, guérissent en une ou deux semaines sans traitement médical, chez les personnes âgées et les malades souffrant de pathologies graves, elles peuvent provoquer de graves complications et la mort. Santé publique France déclarait « Ainsi, plus de 71 000 décès liés à la COVID-19 ont été rapportés du 1er mars 2020 au 19 janvier 2021. »

Les données de la pandémie

En France, de nombreux sites diffusent des informations, comme « Cascoronavirus ». Les données sont issues du site « Santé publique France » ou encore le site des « data » Françaises.

Les chiffres de « Santé publique France » en date du 9 février 2021 :

• 3 360 235 cas confirmés, soit 18 870 de plus que la veille
• 80 147 décès, dont 56 476 à l’hôpital, 439 de plus sur les dernières 24 heures
• 10 886 nouvelles hospitalisations
• 1 758 admissions en réanimation sur les derniers sept jours

Les chiffres mondiaux au 09 février 2021 :

• 107 411 571 cas confirmés dans le monde
• 2 351 195 décès dans le monde

Quid des tests ?

Quasiment chaque jour, des données sont affichées, lues, écrites sur l’avancée et l’ampleur de la pandémie, que ce soit en France, en Navarre ou mondialement. Quoi penser lorsque l’on entend « test positif », « test négatif » ?

• Test RT-PCR positif : soit il est détecté de l’ARN du virus vivant, alors le sujet est potentiellement contagieux, que cette personne soit symptomatique – malade – ou asymptomatique – porteur sain. Il peut être détecté de l’ARN du virus mort, qui n’aurait pas été éliminé par les cellules infectées, ou encore que lesdites cellules ne soient pas éliminées de l’organisme. Ce qui a été observé sur une période allant jusqu’à deux mois après la contamination. Il est dit que le sujet est positif au test RT-PCR pour le Covid-19, mais non contaminant.
• Test RT-PCR négatif : pour un patient asymptomatique, il peut n’avoir pas été infecté tout simplement, ou être au début de la phase d’incubation. Il est préconisé de réitérer le test quelques jours plus tard.

Aujourd’hui 9 février 2021, en France, ce n’est pas moins de 45 959 545 tests réalisés, pour 42 829 358 négatifs (93,19 %) et 3 130 187 positifs (6,81 %).

En métropole, le taux de positivité est le plus haut en région Auvergne-Rhône-Alpes. Elle affiche un taux de 9,7 % pour 5 504 588 tests suivi par la Bourgogne-Franche-Comté (7,9 %, 1 871 255). Au plus bas se trouve la Nouvelle-Aquitaine les chiffres sont de 5,2 % pour 3 472 409 tests, la Bretagne (4,2 %, 1 683 754) et la Corse (3,1 %, 282 364). Dans les territoires et départements d’outre-mer, Mayotte affole les compteurs. En effet, le taux affiche 11 % pour 72 708 tests, tandis que la Réunion est à 2,5 % pour 425 450 tests.

« Si le patient est symptomatique, il faut alors faire un test PCR sur une expectoration ou sur le LBA (liquide broncho alvéolaire), car le virus migre rapidement des voies respiratoires hautes vers les poumons, idéalement doublé d’un scan thoracique pour confirmer le diagnostic. » Cette phrase, issue d’un article du site France Soir, est partagée chez Ze Journal, Bon Sens. Perplexe, j’ai demandé à un docteur en médecine générale de m’éclairer. Voici sa réponse : « Devant un premier test négatif réalisé sur une personne cas contact, symptomatique, on refait un test rtPCR sept jours après si le tableau est très évocateur sinon on en reste là. On ne va sûrement pas faire de test sur le LBA, ni de scanner en ville. Le scanner en ville est fait devant des signes de complications (exemples : suspicion embolie pulmonaire, de péricardite ou de surinfection pulmonaire). »

Inquiétude sur les mutations

La presse écrite évoque la peur des mutations dans ces titres. « Pourquoi la mutation du variant anglais suscite l’inquiétude ? », « Faut-il s’inquiéter de la nouvelle mutation du variant anglais du virus ? », « Le variant anglais poursuit ses inquiétantes mutations », « De nouvelles mutations du virus qui inquiètent », « Progression de la mutation du coronavirus : l’inquiétude grandit dans le monde »…

Les mutations E484K, N501Y semblent inquiéter, les professionnels de santé. « Au 27 janvier 2021, 299 cas d’infection au variant 20I/501Y.V1 et 40 cas d’infection au variant 20H/501Y.V2 ont été rapportés en France », communique Santé Publique France.

En France, les résultats préliminaires suivants portent sur 123 laboratoires ayant transmis leurs résultats de criblage au 3 février 2021 à 13h ; ils montrent que parmi les cas diagnostiqués le 27 janvier 2021 :

• 14,0 % de ces cas seraient des suspicions de variants 20I/501Y.V1 (UK) pour 78 laboratoires utilisant un criblage par technique Thermo Fisher (TFS)
• 14,6 % seraient des suspicions de variants 20I/501Y.V1 (UK) ou 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) pour 45 laboratoires utilisant un criblage par RT-PCR spécifique recherchant la mutation N501Y.

« Les résultats préliminaires de cette deuxième enquête Flash […] confirment d’ores et déjà l’augmentation de la circulation des variants qui était attendue, et une situation hétérogène selon les régions », précise Bruno Coignard, Directeur des maladies infectieuses à Santé publique France. Les mutations posent questions, les centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) aux États-Unis résument bien la situation :

• Dans quelle mesure ces nouveaux variants se sont répandus
• Comment ces variantes peuvent affecter les thérapies, vaccins et tests existants

Les responsables de la santé publique veulent savoir si les variants:

• Se propagent plus facilement de personne à personne
• Causent une maladie plus légère ou plus grave chez les personnes
• Sont détectés par les tests viraux actuellement disponibles
• Changent l’efficacité des vaccins COVID-19

Le Vaccin AstraZeneca

Après Pfizer et Moderna, un troisième vaccin est validé par la haute autorité de santé (HAS) AstraZeneca va arriver en France pour les soignants et les moins de 65 ans. Mais pourquoi fixer un âge pour un vaccin ? La réponse est simple, l’âge de la cohorte.

L’analyse publiée par l’hebdomadaire britannique, The Lancet – qui fait partie des prestigieuses revues scientifiques dans le domaine de la santé – affichait une cohorte totale de 11 636 personnes.

Entre le 23 avril 2020 et le 4 novembre 2020, 23 848 participants ont été recrutés, 11 636 ont été inclus dans les analyses d’efficacité primaires. La majorité était âgée de 18 à 55 ans, 6 542 sur 7 548 (86,7%) au Royaume-Uni et 3 676 sur 4 088 (89,9%) au Brésil.

Les personnes de 56 ans ne représentaient 8, 4% de la cohorte totale, et 3,8 % pour les plus de 70 ans. 60,5% étaient des femmes. Les résultats intermédiaires ont ainsi démontré l’efficacité du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 à 90 %, observée chez les participants ayant reçu une faible dose. C’est pour cela qu’il est recommandé pour les personnes de moins de 65 ans.

Seule ombre au tableau, les variants pourraient rendre le vaccin d’AstraZeneca moins efficace. Marie-Paule Kienny, virologue et directrice de recherche à l’INSERM, répondait à Apolline de Malherbe sur RMC, le 9 février 2021 : « Il semble être peu efficace contre le variant qui circule en Afrique du Sud […] on ne sait pas s’il est efficace chez les personnes de plus de 65 ans, il semble être prudent, comme l’ont recommandé plusieurs pays européens, d’utiliser ce vaccin chez les personnes plus jeunes, affirme Marie-Paule Kienny. Les campagnes de vaccination qui sont en route sont là pour protéger contre l’hospitalisation, les formes sévères, la mort… »